Зачем там был мост, ведь рядом с ним идёт просто обычная насыпь, без всяких труб под ней?
И почему ветку разобрали, но не полностью, секцию моста оставили?

0

Там остатки насыпи. До и после моста.

Смею предположить, что мост был преднаначен для развода путей с курьяновкой базы, тот что уходит в итоге под большой мост через Москва-реку и веткой на литейно-механический завод, ныне разобранную

По относительно старой (1996) года карте нет ветки на литейно-механический завод. Там три ответвления: на Курьяново (в другую сторону, нежели чем мост), на Красногвардейсткую плодоовощную базу (это та, что ныряет и поныне под мост через Москву-реку) и базу снабжения (рядом с этим мостом, да, но ветка сохранилась). Плюс с тех пор появилась новая ветка на растворо-бетонный узел (это между овощной базой и веткой на Курьяново).