В так называемых "детских" поездах купейные вагоны также используются для организованной перевозки детей?

По-разному бывает. Обычно купейник играет роль штабного, в котором едут ЛНП, ПЭМ и бригады вагонов-ресторанов (в детских поездах их обычно два).
Хотя бывают и исключения. Ехал однажды в детском поезде Анапа - Чита - иркутская группа вагонов полностью состояла из купейных от "Байкала" (вагонов семь).
Возможно, зависит от дальности маршрута или вообще от того, какие вагоны есть в депо формирования поезда. Отмечу, что сейчас по постановлению Онищенко детей можно возить только в вагонах с кондиционерами и ЭЧТК. Плацкартных вагонов с такими характеристиками на целый состав далеко не каждое депо сможет собрать, особенно летом. Поэтому неудивительно, что цепляют часть купе - как правило, факультативные вагоны от фирмачей.